El programa de Ingeniería Física de la UACJ busca formar profesionistas con conocimientos amplios en los fundamentos de la ingeniería y principios de la física. Para aplicarlos en el sector industrial o en la continuación de estudios de posgrado. El programa consta de 366 créditos a cursar en 10 semestres. Actualmente, nos encontramos acreditados ante el Consejo de Acreditación de la Enseñanza de la Ingeniería (CACEI).

​Este programa tiene como propósito formar profesionales de la matemática. Capaces de aplicar esta ciencia en la solución de problemas en diversas áreas mediante las asignaturas que conforman el plan de estudios. Éste consta de 314 créditos de los cuales 272 corresponden a las asignaturas obligatorias y 42 a las electivas. En su fase terminal se contemplan tres áreas de énfasis: matemática pura, matemática aplicada y matemática educativa.​

​El programa tiene como propósito formar profesionistas con bases sólidas en ciencia e ingeniería de materiales, con habilidades teóricas y experimentales. El programa consta de un total de 50 materias las cuales suman 382 créditos. Toda nuestra planta docente cuenta con grado de doctor y el 90% pertenece al Sistema Nacional de Investigadores (SNI).​​

​El programa tiene como propósitos, incidir en la problemática relacionada con la enseñanza, y el aprendizaje de las matemáticas en situación escolar. Hace énfasis en los niveles escolares medio superior y superior. Atiende a docentes en servicio, en su necesidad de actualización disciplinar.

Aunque no es una maestría en matemáticas, tiene una componente importante de actualización en el estudio de esta área. Además, considera materias de corte educativo y manejo de nuevas tecnologías en la enseñanza de las matemáticas.

El programa de maestría consta de cuatro semestres con una totalidad de 12 materias. Asimismo, cuatro seminarios de posgrado a cursar, agrupadas en tres áreas de formación: básica, didáctica y docente.​​​

Este programa de estudios está desarrollado para otorgar a los estudiantes los conocimientos fundamentales sobre la Ciencia e Ingeniería de los materiales. Esto les permitirá insertarse activamente y con éxito en los sectores productivo y académico. En el sector productivo, como ingenieros de materiales enfocados a la mejora de los procesos de producción. Y en el sector académico, para continuar sus estudios de doctorado en programas afines a nivel nacional o extranjero.

Este programa de estudios está desarrollado para otorgar a los estudiantes los conocimientos fundamentales sobre la Ciencia e Ingeniería de los materiales. Esto te permitirá insertarte activamente y con éxito en los sectores productivo y académico. En el sector productivo, como ingenieros de materiales enfocados a la mejora de los procesos de producción. Y en el sector académico, para continuar en una estancia posdoctoral o ingresar como profesor-investigador a instituciones de educación superior o centros de investigación.

Programa de Licenciatura en Ingeniería Civil (PIC), acreditado como programa de excelencia por parte del Consejo de Acreditación de la Enseñanza de la Ingeniería (CACEI). El plan de estudios tiene un grado de flexibilidad adecuado para adaptarse a los cambios de la disciplina y sus especialidades. Para esto cuenta con un grupo de materias optativas o de temas especiales cuyos contenidos son periódicamente actualizados. Las áreas de acentuación del programa son: estructuras y cimentaciones, ingeniería ambiental, ingeniería hidráulica y planeación y transporte.

Programa de Licenciatura en Ingeniería Ambiental (PIA), se oferta de manera anual a partir de 2011. Se caracteriza por la formación básica en ingeniería ambiental centrada en el estudiante. Conforme a procesos de enseñanza aprendizaje de tipo constructivista y por competencias. La formación del estudiante prevé a un egresado que contribuye a la solución de problemas y problemáticas ambientales de la región–nación. Entre otras cosas, en la planeación de los recursos hídricos, el suministro de agua, el tratamiento de agua, la caracterización y control de la contaminación del aire. La remediación de sustancias peligrosas, el transporte de contaminantes en el medio ambiente y métodos asociados. Asimismo, representa la formación de estudiantes potenciales para programas de posgrados, como es el caso de la Maestría en Ingeniería Ambiental.

El programa de Ingeniería en Geociencias ofrece una carrera flexible en lo que es una de las áreas del conocimiento más dinámicas, versátiles y que genera mayor satisfacción a los profesionales del ramo. Un ingeniero(a) en geociencias tiene la capacidad de entender los procesos y componentes que hacen de nuestro planeta Tierra un sistema único, dinámico y cambiante. El profesional de las geociencias se desempeña en instituciones gubernamentales, privadas y académicas en aspectos que van desde la prospección ubicación y explotación sostenible de recursos naturales como el agua en el subsuelo, suelos, minerales, hidrocarburos e incluso fuentes alternativas de energía como la geotermia y los materiales radiactivos que son la fuente de energía nuclear. Otras áreas de ejercicio son el manejo de áreas naturales como ríos, cuencas hidrológicas, parques nacionales, además de aspectos geológicos que influyen en la evaluación de superficies para construcción de obras civiles (carreteras, presas, puentes, rellenos sanitarios, etc.). Dentro de las disciplinas de especialización en las Geociencias sobresalen, mineralogía, petrología, sedimentología, geofísica, sismología, vulcanología, geología estructural, entre otras más.​

Programa de Maestría en Estudios y Gestión Ambiental (MEGA) con orientación a la investigación e incorporado al Padrón Nacional de Posgrados de Conacyt. Con proyectos que fortalecen las líneas de investigación Ciencia y Tecnología en Estudios de Agua Subterránea, Ciencia y Tecnología del Agua, Educación e Impacto Ambiental. Así como temáticas asociadas al cambio climático, energías renovables, comunicación ambiental, y estudio de la contaminación de matrices ambientales. La convocatoria de nuevo ingreso al programa es anual.

Programa de Maestría en Ingeniería Civil (PMIC) con orientación profesionalizante, incorporado al Padrón Nacional de Posgrados de Conacyt, con fases terminales enfocadas a la especialización en el diseño de estructuras y en la administración de recursos destinados a la construcción.

El Programa de Ingeniería Biomédica consta de 429 créditos, a cursar en 9 semestres. El estudiante de Ingeniería Biomédica será capaz de aplicar las ciencias de la ingeniería a la tecnología médica. Además estará habilitado para diseñar, integrar, implementar, adaptar, mantener, operar sistemas instrumentales para detección de enfermedades. Y la aplicación de tratamientos para mejora de la salud y calidad de vida mediante el uso de ingeniería y tecnología moderna dedicada al entorno de la medicina y la biología.

El programa estudia las áreas de generación, distribución, control y aplicación de la energía eléctrica. Sus egresados adquieren habilidades y conocimientos en el diseño de aplicaciones electrónicas para el manejo y control de la energía. En el diseño, instalación, mantenimiento e innovación de sistemas eléctricos de potencia e industriales. Así como del uso de las principales fuentes de energías renovables que se utilizan en la generación de la electricidad.

​El programa de Ingeniería en Sistemas Computacionales tiene su enfoque en las áreas de Tecnologías de Información, Bases de Datos y Redes de Computadoras. Asimismo, en otras áreas de la Ingeniería Aplicada y Ciencias de la Ingeniería, con el fin de formar profesionistas capaces de desarrollarse a plenitud en su campo laboral. Consta de 388 créditos a cursar en 9 semestres, los cuales se dividen en 364 en materias obligatorias y 24 en materias optativas.

El programa de Sistemas Digitales y Comunicaciones se ocupa de manera general del estudio de la electrónica. Pero particularmente se adentra en de dos áreas estratégicas del desarrollo tecnológico que son: las Telecomunicaciones, que en general aborda el estudio de los fundamentos de las comunicaciones análogas y digitales. Y los sistemas electrónicos digitales, que afronta problemas de automatización y control de los sistemas electrónicos digitales mediante la adquisición y tratamiento de señales análogas y/o digitales.

​El programa de Ingeniería de Software tiene su enfoque en las áreas de la teoría de la computación y el desarrollo de productos de software aplicados a diferentes escenarios. De esta manera forma profesionistas con capacidad para planear, dirigir y evaluar proyectos de tecnología. Así como para el trabajo en equipo, vocación innovadora e investigación aplicada.

El programa de Maestría en Ingeniería Eléctrica tiene una orientación hacia la investigación. Está enfocado a desarrollar investigadores y profesionistas en las áreas de microelectrónica, procesamiento de señales digitales e instrumentación y control. Consta de ocho materias obligatorias y cuatro electivas a cursarse en cuatro semestres. El programa actualmente se encuentra dentro del Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC).

El programa de Maestría en Cómputo Aplicado tiene una orientación profesional, con el objetivo de proporcionar a los egresados una cultura técnico-científica, además de una formación metodológica que los capacite para resolver problemas dentro de las áreas del cómputo en la nube, ingeniería de software y soft computing. El programa actualmente se encuentra dentro del Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC).​​

​El programa forma investigadores de alto nivel en las áreas de procesamiento digital de señales y/o procesos de producción. Los estudiantes juegan un papel central en todas la atividades de investigación lo que constituye una contribución vital a la experiencia educacional de los estudiantes y de los profesores, para el éxito de la misma investigación. Los egresados del programa son capaces de innovar, generar, aplicar y transmitir conocimnientos de vanguardia. ​​

El programa de la carrera en Ingeniería en Aeronáutica, está compuesta de 10 semestres sumando un total de 466 créditos. El programa académico tiene el enfoque en el diseño y manufactura de componentes de aeronaves. El alumno al finalizar sus estudios tendrá los conocimientos suficientes para diseñar y fabricar los componentes de la aeronave. Además de la planeación y administración del proceso de manufactura, y operaciones aeronáuticas.​​

El programa de Ingeniería Industrial y de Sistemas comprehende la rama de la ingeniería dentro de la cual se lleva a cabo el análisis y diseño de sistemas de producción. Busca la optimización de los recursos para la creación de bienes y servicios.

El programa de la carrera en Ingeniería en Manufactura está compuesta de 10 semestres sumando un total de 422 créditos. El programa académico tiene el enfoque en el diseño y manufactura de componentes de la industria en general. El alumno, al finalizar sus estudios, tendrá los conocimientos suficientes. Conocerá los procesos de fabricación en general para diseñar y fabricar los componentes de las diferentes industrias localizadas en la región y en el país.

Este programa educativo tiene como prioridad participar de manera activa y eficiente, en la formación de profesionales altamente competitivos para realizar funciones específicas tales como: mejora de procesos, reingeniería, integración de tecnología, toma de decisiones y administración de recursos en sistemas mecatrónicos.

​Este campo de la ingeniería es muy amplio. En él convergen varias disciplinas como la mecánica, la electrónica, los materiales, la ingeniería de manufactura y diversas aplicaciones de la computación. Su alcance se extiende desde la detección de la oportunidad de negocio, el diseño y prueba del producto. Pasan por la selección y caracterización del material, hasta la liberación del diseño. Esta función de diseño se enfoca en los sistemas de suspensión, dirección, frenado, mando y control por computadora; motriz, transmisión, eléctrico (arneses).

Se definen requerimientos de usabilidad, habitabilidad y seguridad. También se definen las formas y modos de falla y se define el proceso para la reparación. En la fase de operación del vehículo, se aplican los procedimientos para detección de fallas y se aplica el proceso para la reparación, como también se encarga del diseño de las rutinas y las tareas de mantenimiento.

El programa de la Maestría en Ingeniería Industrial tiene una orientación profesionalizante con una retícula flexible de materias distribuidas en tres etapas, a cursarse en cuatro semestres. La primera etapa contempla cinco materias, las cuales sirven como base para las áreas de concentración ofertadas en la segunda fase y que son: Calidad, Ergonomía, Producción y Logística. Finalmente, en la tercera etapa, se tienen dos opciones de titulación que son: la aprobación de cinco materias del área de administración o la conclusión de un Proyecto de Ingeniería.​​​

El programa de la Maestría en Ingeniería en Manufactura tiene una orientación profesionalizante, con una retícula flexible de materias a cursarse en cuatro semestres. La retícula incluye tres semestres iniciales de cuatro materias cada uno y uno final para la materia de Titulación. El tronco común consta de seis materias, las cuales sirven como base para las especialidades ofertadas: Procesos de Fabricación, Automatización y Diseño de Producto. Cada especialidad incluye cuatro materias obligatorias y dos optativas. Finalmente, la opción de titulación requiere de la conclusión y presentación de una tesina o trabajo terminal.​​​

​El programa de la Maestría en Tecnología tiene una orientación de investigación con una retícula flexible de materias distribuidas en tres bloques, a cursarse en cuatro semestres. En el primer bloque se estudian los contenidos teóricos de la tecnología, para que el estudiante adquiera un dominio de ella en el estado del arte. Ofreciendo 3 áreas de estudio, Ingeniería Industrial, Manufactura y Mecatrónica. En el segundo bloque es de materias para estudiar la forma y la estructura de la investigación y los contenidos de la administración de la tecnología; estos dos bloques se cursan simultáneamente para construir gradualmente el proyecto. El tercer bloque es de las materias para realizar el proyecto de investigación, principalmente la fase experimental y para escribir el documento final. La titulación es a través de una tesis y su defensa.

​El programa de Doctorado en Tecnología tiene una orientación de investigación con una retícula flexible de materias distribuidas en cuatro bloques, a cursarse en seis semestres. En el primer bloque se estudian los contenidos de la administración de la tecnología, en el segundo bloque se estudian los contenidos teóricos de la tecnología, para que el estudiante adquiera un dominio de ella en el estado del arte. Ofreciendo 3 áreas de estudio, Ingeniería Industrial, Manufactura y Mecatrónica El tercer bloque es de materias para estudiar la forma y la estructura de la investigación, que se cursan simultáneamente con el bloque dos para ir construyendo gradualmente el proyecto. El cuarto bloque es de las materias para realizar la investigación, principalmente la fase experimental y para escribir el documento final. La titulación es a través de una tesis y su defensa.